明朝皇帝的在位时间排名如下：
1. 明神宗万历帝朱翊钧 - 在位48年（1573-1620年）
2. 明世宗嘉靖帝朱厚熜 - 在位45年（1522-1566年）
3. 明太祖洪武帝朱元璋 - 在位31年（1368-1398年）
4. 明宪宗成化帝朱见深 - 在位23年（1465-1487年）
5. 明成祖永乐帝朱棣 - 在位22年（1403-1424年）
以上是根据历史资料整理的明朝皇帝的在位时间排名
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